针对“公司罚款自离扣1000合理吗”的直接回复，我们结合具体法律依据进行分析。
根据《中华人民共和国劳动合同法》（2012年修正）第四条规定：“用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动纪律等直接涉及劳动者切身利益的规章制度时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定，并公示或告知劳动者。”
本案中，若公司以“自动离职”为由扣1000元：首先，法律未赋予用人单位罚款权，“罚款”本身不属于合法的处罚方式；其次，若公司主张该扣款是“损失赔偿”，需证明规章制度已依法制定并公示，且员工造成的损失与扣款金额匹配。若公司无法提供上述证据，则扣1000元的行为违反《劳动合同法》第四条，属于违法行为。
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“公司罚款自离扣1000”的处理可能受特殊情况影响，我们进行如下说明。
1. 员工自动离职造成公司实际损失：若员工自动离职导致公司项目延误，需向客户支付违约金1000元，且公司能提供项目合同、违约金支付凭证等证据，则公司可要求员工赔偿损失，但扣除金额不得超过员工当月工资的20%，且剩余工资不得低于当地最低工资标准。此时“扣1000元”需满足金额限制，否则仍不合理。
2. 公司规章制度依法制定并明确损失赔偿标准：若公司规章制度经职工代表大会讨论通过且已公示，明确“员工自动离职造成损失的，需赔偿不超过1000元的损失”，且员工知晓该制度，同时公司能证明损失存在，则扣款行为可能部分合法，但仍需符合工资扣除的比例限制。
3. 特殊行业岗位的紧急离职情形：如员工在医疗行业因紧急情况（如家人重病）未提前通知离职，若公司以“自动离职”为由扣1000元，需考虑员工离职的合理性，法院或仲裁委可能酌情减轻员工责任，认定扣款金额过高。
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在处理“公司罚款自离扣1000”的问题时，部分员工可能会出现错误操作，我们特此提醒。
1. 忽视证据收集：未保存劳动合同、罚款通知等关键证据，导致后续投诉或仲裁时无法证明公司扣款行为，无法有效维权。
2. 超过仲裁时效：劳动争议仲裁时效为1年，若员工在知道扣款后1年内未提出仲裁，可能丧失胜诉权，无法通过法律途径追回扣款。
3. 与公司发生激烈冲突：如在沟通中言语过激或破坏公司财物，可能反被公司主张损失赔偿，陷入被动局面。
若您已出现上述错误操作，或不确定如何弥补，建议及时咨询专业律师调整应对策略。
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关于“公司罚款自离扣1000合理吗”这一问题，我们先给出最直接的答复。
自动离职后，公司无权对员工进行罚款，扣1000元不合理。
1. 若公司仅以“自动离职”为由直接罚款1000元：根据法律规定，用人单位不得对员工进行罚款，自动离职不改变这一原则，该罚款行为无法律依据。
2. 若公司主张员工自动离职造成损失需扣除1000元：需提供员工造成损失的直接证据（如项目延误的合同赔偿、设备损坏记录等），且扣除金额不得超过员工当月工资的20%，也不得低于当地最低工资标准。
3. 若公司规章制度中未明确“自动离职罚款1000元”：即使员工自动离职，公司也不能随意设定罚款金额，未经法定程序制定的处罚条款无效。

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